A inscrição estadual muda a guia de operação para apuração

Esta é a decisão de cadastro que mais muda o resultado, e ela é por cliente, não por UF: dois clientes vendendo para o mesmo estado podem recolher de jeitos diferentes.

Sem inscrição na UF de destino: guia por operação

O emitente não é inscrito naquele estado, então recolhe nota a nota. Cada nota com ICMS-ST ou DIFAL para lá vira uma guia, com o vencimento da operação. É o caso da maioria das vendas interestaduais avulsas.

Com inscrição na UF de destino: guia por apuração

O emitente é inscrito e apura o imposto no estado. Aí não sai guia por nota: sai uma guia por competência, com o total apurado. Emitir uma guia por operação nesse caso é recolher errado.

Onde se muda isso

Na ficha da empresa, ou no cadastro completo que abre quando você cria um cliente novo. Marque as UFs em que a empresa tem inscrição; o número da inscrição é opcional e pode entrar depois.

Marcar uma UF por engano faz todas as notas daquela UF pararem de gerar guia por operação — se sumiram guias que você esperava, é o primeiro lugar a olhar.